Azərbaycan və başqa türk xalqlarının Əlyazmalar İnstitutunda saxlanılan anadilli abidələrinin tədqiqi, transfoneliteratik və fotofaksimile nəşri; müxtəlif nüsxələr əsasında elmi-tənqidi mətnlərin tərtibi; linqvistik, ədəbiyyatşünaslıq, kulturoloji mətnşünaslıq məsələləri ilə bağlı elmi-nəzəri tədqiqat işlərinin aparılması; tarixi abidələrin mənbəşünaslıq istiqamətində tədqiqi.

Vaxtilə bu şöbədə akademik Həmid Araslı, professor Cahangir Qəhrəmanov, filologiya elmləri namizədi Zəminə Hacıyeva müdir olmuş, akademik Məmmədcəfər Cəfərov, filologiya elmləri doktorları Şamil Cəmşidov, Məmməd Adilov, filologiya elmləri namizədləri Paşa Kərimov, Əli Əliyev və b. çalışmışlar. Hazırda şöbəyə filologiya elmləri doktoru Azadə Musayeva rəhbərlik edir. Şöbədə 25 əməkdaş işləyir. Onların çoxu yüksək araşdırıcılıq qabiliyyəti olan, əlyazmaları sevən gənclərdir.

İnstitutda türkdilli abidələrin sayının 4.324 olduğu dəqiqləşdirilmişdir. Bir sıra "tədqiqatçıların"yazdığı kimi türkdilli əlyazmaların əksəriyyəti heç də dini məzmunlu deyil, əksinə, dünyəvidir. Əlyazmalarda üzə çıxarılmış Təbriz, Ərdəbil, Şirvan, Şamaxı, Bakı, Gəncə, Urmiya, Zəncan, Maku, Marağa, Qarabağ, Əbhər, Naxçıvan, Səlmas, Dərbənd, Ərzincan, Qeysəriyyə, Qazan, İstanbul, Bursa və s. ilə bağlı qeydlər onların yarandığı-yayıldığı məkanların tarixi xəritəsini çəkməyə imkan verir.

Türkdilli əlyazmaların tədqiqi sahəsində aparılan işlərin uğurlu nəticələri olmuşdur. Artıq türkdilli əlyazmalar kataloqunun iki cildi nəşr olunmuşdur. Tarixə dair, din və fəlsəfə tarixinə dair əlyazmalar ayrıca təsvir olunmaqdadır. 750-yə yaxın şəxsiyyətin 12.000-dən artıq əlyazma nüsxəsini özündə əks etdirən "Azərbaycanlı müəlliflərin əlyazmalarının toplu kataloqu (Şərq əlyazma kataloqları əsasında)" nəşrə hazırlanmışdır.

Onlarla türkdilli abidə şöbənin əməkdaşları tərəfindən transfoneliterasiya edilərək nəşr olunmuşdur. "Kitabi-Dədə Qorqud" dastanının, Nəsimi, Şah İsmayıl Xətai, Füzuli, Xətai Təbrizi, Dədə Ömər Rövşəni, Süleyman Çələbi Bursalı, Qövsi Təbrizi və b. kimi klassiklərin əlyazma irsinin elmi-tənqidi mətnləri hazırlanaraq nəşr olunmuşdur.

Hal-hazırda şöbədə türkdilli abidələr üzərində səmərəli araşdır-malar uğurla davam etdirilməkdədir.    

.